macOSのCEF版Webエリアは，YubiKey などのWebAuthn/FIDO2認証ダイアログがサポートされていません。また，システム版Webエリア（WKWebView）の回避策にも問題があるようです。
WKWebView and WebAuthn seems broken in iOS 15.4. Did something change?
Under the Hood of WebAuthn in Safari
Supporting U2F or FIDO2 Security Keys on iOS or iPadOS FAQ
現時点でMac版のWebエリアをブラウザ代わりに WebAuthn のインタフェースとして使用することは無理なのかもしれません。