デザインモードの「編集」メニューの最下段にある「すべてを置換」アクションは，直前に実行された「編集＞検索＞置換…」の条件をメソッド内で適用するというものですが，「単語全体」条件は適用されず。単純な文字列の置換となることに留意してください。これは仕様です。
たとえば，検索条件を「単語全体」を有効にし，プロジェクトメソッド「Method1」を「Method2」に変換した場合，変数「<>Method1」および「$Method1」は影響を受けません。「単語全体」が指定されているためです。しかし，「すべてを置換」は，単純な置換となるため，変数も置換の対象となります。