デザインモードの「アプリケーションビルド」ダイアログには，BuildApp.xmlのIPAddressキーに相当するフィールドがありません。そのため，このダイアログでビルドしたクライアントアプリケーションは，自動アップグレード後に接続するべきサーバーをIPアドレスではなく，公開名とポート番号で探します。これは仕様です。
ネットワーク上に同名のサーバーが同時に公開されており，公開名とポート番号ではサーバーが特定できない場合，BuildApp.xmlを編集し，IPアドレスを指定するようにしてください。そうすれば，そのアドレスがUpgrade4DClientのinfo.jsonファイルにコピーされます。