4D Write Proドキュメントをwk web html形式でエクスポートした場合，セクション・ヘッダー・フッターなどは失われることになります。これは仕様です。
4D Write ProのHTMLフォーマットは，XHTMLフォーマットを拡張することで，セクション・ヘッダー・フッターなどを表現しています。HTML 5には，section header footerといったタグが存在しますが，4D Write ProのHTMLフォーマットは，HTML 4をベースにしているため，こうしたタグには対応していないことが関係しています。