Macプラットフォームでは「システム環境設定 > キーボード > ショートカット」でシステム全体またはアプリケーション毎のカスタムキーボードショートカットを設定することができます。
システム環境設定で追加したショートカットは，項目名が合致する4Dのメニューに関連付けられます。4Dの場合，32ビット版では，アプリケーションが最前面であればカスタムキーボードショートカットが入力できますが，64ビット版では，メニューをクリックした後でなければ，カスタムキーボードショートカットが入力できません。これは仕様です。
回避策: カスタムキーボードショートカット設定は，下記のファイルに登録されています。この設定を優先したいのであれば，ファイルを参照し，必要に応じて4D側のキーボードショートカット設定を調整してください（ SET MENU ITEM SHORTCUT）。
~/Library/Preferences/com.myapp.*